下表中显示各中文名称与英文名称、三字母符号与单字母符号。（*为次要编码氨基酸）
中文名称
英文名称
短写
缩写
丙氨酸
Alanine
A
Ala
苯丙氨酸
Phenylalanine
F
Phe
半胱氨酸
Cysteine
C
Cys
硒半胱氨酸*
Selenocysteine
U
Sec
天冬氨酸
Aspartic acid / Aspartate
D
Asp
天冬酰胺
Asparagine
N
Asn
谷氨酸
Glutamic acid / Glutamate
E
Glu
谷氨酰胺
Glutamine
Q
Gln
甘氨酸
Glycine
G
Gly
组氨酸
Histidine
H
His
亮氨酸
Leucine
L
Leu
异亮氨酸
Isoleucine
I
Ile
离氨酸
Lysine
K
Lys
吡咯赖氨酸*
Pyrrolysine
O
Pyl
蛋氨酸
Methionine
M
Met
脯氨酸
Proline
P
Pro
精氨酸
Arginine
R
Arg
丝氨酸
Serine
S
Ser
苏氨酸
Threonine
T
Thr
缬氨酸
Valine
V
Val
色氨酸
Tryptophan
W
Trp
酪氨酸
Tyrosine
Y
Tyr
除此之外，还有一些三字母或单字母符号可用来表示未明确定义的缩写：
Asx、B可代表天冬氨酸（Asp、D）或天冬酰胺（Asn、N）。
Glx、Z可代表谷氨酸（Glu、E）或谷氨酰胺（Gln、Q）。
Xle、J可代表亮氨酸（Leu、L）或异亮氨酸（Ile、I）。
Xaa（亦用Unk）、X可代表任意氨基酸或未知氨基酸。